A questo punto direi che hai il tetto avvitato.
Il tuo tetto appoggiava su una guarnizione che ora non si vede più perché è stata sommersa dalla "siliconata" nera aggiunta per tentare di bloccare il passaggio di acqua.
Se togli il tetto devi comprarla.
Oltre a quella ti serve anche un'altra guarnizione, non tiene acqua è solo estetica, appoggia sul bordo del girotetto ed è tenuta in sede dai profili cromati, fa spessore e se non è uguale all'originale può dare problemi, anche se io credo che anche il rifacimento del bordino da parte del lattoniere se non è perfetto come in origine può dare problemi al rimontaggio dei profili cromati.
Il tuo girotetto non mi sembra malvagio, potresti provare a vedere in che punto entra acqua e intervenire solo lì.
Se invece preferisci togliere il tetto e fare un lavoro definitivo ti consiglio a quel punto di togliere anche il parabrezza anteriore, farai un lavoro fatto meglio e una volta sola.
Per quanto riguarda i rivestimenti montanti non sarebbe necessario toglierli, ma se non riesci a forare e rifilettare dove hai trapanato dovrai farlo e sostituire, i ricambi si trovano facilmente.
In questa foto si vede bene la guarnizione estetica e come è tenuta ferma dai profili, sotto al tetto spunta la vecchia guarnizione che nel mio caso era diversa dal tuo ma il concetto è quello.
Notare la data della foto, sono ancora in ballo...